Главная страница 2-го семестра

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Эталонное выравнивание:

                                                                                                                                                         
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                            
A L K H _ H A E I N   :   I V P V I A L D N A D D I L P L A D T L A K N G L S V A E I T F R S E A A A D A I R L L R A N R P D F L I A A G T V L   :   5 9
A L K H _ S H I F L   :   V V P V I V V K K L E H A V P M A K A L V A G G V R V L E V T L R T E C A V D A I R A I A K E V P E A I V G A G T V L   :   5 9
A L K H _ Z Y M M O   :   V M P V L V I E D I A D A K P I A E A L V A G G L N V L E V T L R T P C A L E A I K - I M K E V P G A V V G A G T V L   :   5 8
A L K D _ P S E P U   :   I L P V I T I A R E E D I L P L A D A L A A G G I R T L E V T L R S Q H G L K A I Q V L R E Q R P E L C V G A G T V L   :   5 9
A L K H _ B A C S U   :   L I A V I R S K D K Q E A C Q Q I E S L L D K G I R A V E V T Y T T P G A S D I I E - S F R N R E D I L I G A G T V I   :   5 8
                          6 6 p V 6                   p   a     L       G 6       E 6 T   r 3     a     a I               p       6 g A G T V 6          

Фрагмент выравнивания, созданного с помощью программы ClustalW, содержащий в себе фрагмент из эталонного выравнивания, взятого из БД SMART:

                                                                                                                                                                                                           
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0                  
A L K H _ S H I F L   :   - - - - - - - - - - - M K N W K T S A E S I L T T G P V V P V I V V K K L E H A V P M A K A L V A G G V R V L E V T L R T E C A V D A I R A I A K E V P E A I V G A G   :     7 2
A L K H _ Z Y M M O   :   - - - - - - - - - - - - - - - M R D I D S V M R L A P V M P V L V I E D I A D A K P I A E A L V A G G L N V L E V T L R T P C A L E A I K - I M K E V P G A V V G A G   :     6 7
A L K D _ P S E P U   :   T T L E R P Q P K L S M A D K A A R I D A I C E K A R I L P V I T I A R E E D I L P L A D A L A A G G I R T L E V T L R S Q H G L K A I Q V L R E Q R P E L C V G A G   :     8 3
A L K H _ H A E I N   :   - - - - - - - - - - - M S Y T T Q Q I I E K L R E L K I V P V I A L D N A D D I L P L A D T L A K N G L S V A E I T F R S E A A A D A I R L L R A N R P D F L I A A G   :     7 2
A L K H _ B A C S U   :   - - - - - - - - - - - - - M E S K V V E N R L K E A K L I A V I R S K D K Q E A C Q Q I E S L L D K G I R A V E V T Y T T P G A S D I I E - S F R N R E D I L I G A G   :     6 9
                                                                                6 6 p V 6                   p   a     L       G 6       E 6 T   r 3     a     a I               p       6 g A G            
                                                                                                                                                                                                           
                                      *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                        
A L K H _ S H I F L   :   T V L N P Q Q L A E V T E A G A Q F A I S P G L T E P L L K A A T E G T I P L I P G I S T V S E L M L G M D Y G L K E F K F F P A E A N G G V K A L Q A I A G P F S Q   :   1 5 5
A L K H _ Z Y M M O   :   T V L N A K M L D Q A Q E A G C E F F V S P G L T A D L G K H A V A Q K A A L L P G V A N A A D V M L G L D L G L D R F K F F P A E N I G G L P A L K S M A S V F R Q   :   1 5 0
A L K D _ P S E P U   :   T V L D R S M F A A V E A A G A Q F V V T P G I T E D I L E A G V D S E I P L L P G I S T P S E I M M G Y A L G Y R R F K L F P A E I S G G V A A I K A F G G P F G D   :   1 6 6
A L K H _ H A E I N   :   T V L T A E Q V V L A K S S G A D F V V T P G L N P K I V K L C Q D L N F P I T P G V N N P M A I E I A L E M G I S A V K F F P A E A S G G V K M I K A L L G P Y A Q   :   1 5 5
A L K H _ B A C S U   :   T V I S A Q Q A G E A A K A G A Q F I V S P G F S A D L A E H L S F V K T H Y I P G V L T P S E I M E A L T F G F T T L K L F P S G V F G - I P F M K N L A G P F P Q   :   1 5 1
                          T V 6                     a G a   F   6 3 P G         6                         P G 6           6 m           G         K   F P a e     G g 6     6 k       g p 5   q            
                                                                                                                                                           
                                *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                      
A L K H _ S H I F L   :   V R F C P T G G I S P A N Y R D Y L A L K S V L C I G G S W L V P A D A L E A G D Y D R I T K L A R E A V E G A K L -   :   2 1 3
A L K H _ Z Y M M O   :   V R F C P T G G I T P T S A P K Y L E N P S I L C V G G S W V V P A G K P D V A K I T A L A K E A S A F K R A A V A -   :   2 0 8
A L K D _ P S E P U   :   I R F C P T G G V N P A N V R N Y M A L P N V M C V G T G W M L D S S W I K N G D W A R I E A C S A E A I A L L D A N   :   2 2 5
A L K H _ H A E I N   :   L Q I M P T G G I G L H N I R D Y L A I P N I V A C G G S W F V E K K L I Q S N N W D E I G R L V R E V I D I I K - -   :   2 1 2
A L K H _ B A C S U   :   V T F I P T G G I H P S E V P D W L R A G A G A V G V G S Q L G S C S K E D L Q A V F Q V - - - - - - - - - - - - - -   :   1 9 6
                          6   f   P T G G 6   p           5 6                 g g s w                             6                                        

Результаты:
   – число колонок во фрагменте из SMART: 59
   – число колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf: все 59
 

©Почашев Станислав